一支由被称为 GI Joe 的特种部队组成的精锐军事部队在 The Pit 外行动，对抗由臭名昭著的军火商领导的邪恶组织。两名驻扎在哈萨克斯坦的士兵（杜克·豪泽上尉和他的搭档“Ripcord”）奉命运送由詹姆斯·麦卡伦控制的武器制造商 MARS 制造的特殊弹头。当他们遭到盗贼袭击时（盗贼头目是杜克与阿纳斯塔西娅·德科布雷有交情），一支名为“特种部队”的绝密国际特种部队救了他们。特种部队的首领阿伯纳西将军（或霍克）正在追踪盗贼：一个名叫“眼镜蛇”的邪恶组织。当杜克和 Ripcord 接受训练加入特种部队时，麦卡伦（“Destro”）正在秘密为眼镜蛇工作，并密谋夺回他的吞噬金属的“纳米特”弹头。杜克和 Ripcord（在 Heavy Duty、Snake Eyes 和其他特种部队成员的帮助下）必须证明他们是真正的美国英雄——在眼镜蛇利用这些弹头统治世界之前阻止它们发射。
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